タイトル通りなんですが、Apache-httpd.conf-でAllowOverride Allして、.htaccessを置くと、デフォルトが-Indexesであっても.htaccessに何も記載されていなければ\ Indexesになっているかもしれない。詳しく調べたわけではないんだけれど。
トップの.htaccessにOptions -Indexesを追加。インデックス不可になりました。やれやれ。
以前調べたときは大丈夫だったはずなので、やっぱりAllowOverrideが原因だと思うのだけれど。